Marmara Denizi, Çanakkale ve İstanbul Boğazları ile birlikte Türk Boğazlar Sistemi’ni oluşturan önemli bir ekolojik su yoludur. Ekonomik öneme sahip Atlantik-Akdeniz orijinli pelajik balıkların Akdeniz ve Ege’den Karadeniz’e beslenme amacıyla yaptıkları göçler esnasında konakladıkları ve yumurta bıraktıkları bir iç deniz olarak da tanımlamaktadır.
Akdeniz kıyılarımızda son 10 yıldır yaşanan en büyük problem, yayılımı ve bolluğu çok hızlı artan zehirli balon balığı ile cüce balon balığının küçük ölçekli balıkçılığımıza direkt olarak verdiği ekonomik kayıp ve bu balıkların vücudunda bulunan TTX toksini nedeniyle besin olarak tüketimlerinin ölümcül olmasından kaynaklı halk sağlığına yönelik tehdittir.
İklim değişikliği nedeniyle deniz yüzey suyu sıcaklıklarında yaşanan artış, palamut ve lüfer gibi türlerin göç takvimlerinde kayma yaratıyor. Avcılığın, bu balıklar yerine daha küçük türlerde yoğunlaşması, hamsi stoklarını tehdit ediyor. Ekosistemin kilit türü olan hamsiyi korumak için acilen av mevsimini sınırlandırmak gerekiyor.
